减轻企业税费负担，是国家支持农产品加工业发展的重要政策措施。增值税是农产品加工企业承担的主要税种，在企业缴纳的税费中占到50%以上。一直以来，广大农产品加工企业对于增值税进项税抵扣中存在的“高征低扣”问题反映强烈，进一步改革完善势在必行。
一、农产品加工业增值税历次调整及影响
(一)1994年开始对农产品加工企业征收增值税。1993年《中华人民共和国增值税暂行条例》(国务院令[1993]134号)明确规定，从1994年1月1日起，境内销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人为增值税的纳税义务人(以下简称纳税人)，应依照条例缴纳增值税。农产品加工企业成为增值税的纳税义务人，税率为17%。但该条例第二条规定，粮食、食用植物油、饲料三种产品的适用税率为13%。“进项税抵扣”是增值税的一大特点，但鉴于该《条例》第十六条规定农业生产者销售的自产农业产品免征增值税，加工企业向农民购买其自产农产品时就无法取得增值税发票，因此1993年《条例》第八条规定，购进免税农业产品准予抵扣的进项税额，按照购买价格10%的扣除率计算。农产品加工企业增值税按照17%或者13%的税率缴纳，而购进农产品只能按照10%计算抵扣额，由此出现“高征低扣”，成为长期以来企业反映比较强烈的税负问题。
(二)1994年下调农产品初加工企业增值税税率。为扶持农业生产发展，财政部、国家税务总局1994年下发了《关于调整农业产品增值税税率和若干项目征免增值税的通知》(财税字[1994]4号)，规定从1994年5月1日起，农业产品增值税税率由17%调整为13%。这样，通过外购农产品进行加工和销售的企业增值税税率由17%下调到13%。但由于这次调整未涉及增值税进项税额抵扣问题，因此“高征低扣”问题并没有得到解决。
(三)2002年农产品加工业增值税进项税抵扣税率由10%提高到13%。2002年财政部、国家税务总局下发《关于提高农产品进项税抵扣率的通知》(财税[2002]12号)，明确规定从2002年1月1日起，增值税一般纳税人购进农业生产者销售的免税农业产品的进项税额扣除率由10%提高到13%；并在《关于一般纳税人向小规模纳税人购进农产品进项税抵扣率问题的通知》中明确，加工企业向小规模纳税人购买农产品的进项税额扣除率也提高到13%。但对于按照17%税率交纳增值税的加工企业来说，销项税率和进项税额抵扣率还有4个百分点的差距，“高征低扣”问题依然存在。
(四)2011年提出农产品增值税进项税额核定和扣除管理办法改革试点方案。2011年财政部和国家税务总局公布了《农产品增值税进项税额核定扣除管理办法(征求意见稿)》，一方面将农产品进项税额扣除率由现行的13%修改为纳税人再销售时货物的适用税率，即纳税人销售的货物适用13%税率的，则扣除率为13%，纳税人销售的货物适用17%税率的，则扣除率为17%，以期彻底解决“高征低扣”问题。另一方面，该办法规定，将农产品进项税额核定方式由凭证抵扣核定改为投入产出法、成本法或参照法核定。其中，投入产出法主要是按照单位货物消耗的原料数量和平均购进价格计算增值税进项抵扣税额；成本法则是根据耗用农产品占生产成本的比例和主营业务成本计算增值税进项抵扣税额。
二、对现行农产品增值税政策的认识历经4次改革和调整，农产品加工业增值税政策已经逐步完善，“高征低扣”问题得到了一定程度解决，农产品加工业企业税负也大大减轻。
但从各地企业反映看，农产品增值税政策仍然存在一些问题。一是“高征低扣”现象仍然存在。除少数农产品初加工企业按照13%缴纳增值税外，大部分农产品加工企业按17%的增值税率缴纳增值税。尽管农产品增值税进项抵扣税率提高到了13%，但与17%的销项税率相比，仍然存在“高征低扣”问题。二是优惠税率范围较小。只有列入1995年财政部国家税务总局《农业产品征税范围注释》的农产品及其加工品，才能享受到13%的增值税税率，而目前大多数农产品加工企业的产品已经超出了注释范围，不利于促进农产品精深加工业的发展，不利于提高农产品附加值。三是农产品收购专用发票管理滞后。按照2008年《中华人民共和国增值税暂行条例》规定，农产品加工企业只能为种植户或养殖户交售自产的农产品开具收购发票，对于农民经纪人或商贩(小规模纳税人)则不能开具收购发票。但在实践中，大多数农民习惯通过农民经纪人或者商贩向企业交售农产品，给企业收购农产品原料带来了困难；有的地方税务部门则要求农产品加工企业按照一定比例代商贩补缴增值税，加重了企业负担。
三、政策建议
(一)尽快将农产品进项税额扣除率由现行的13%调整为纳税人销售货物的适用税率。按照2011年财政部和国家税务总局《农产品增值税进项税额核定扣除管理办法(征求意见稿)》的设计，增值税进项税额扣除率需采取投入产出法或成本法进行核定，但实际操作比较复杂，短期内还难以全面推行。建议增值税进项税额扣除管理办法改革试点分两步推进。第一步，继续采用农产品收购发票凭证直接计算增值税抵扣进项税额方式，把农产品增值税进项税额抵扣率由现行的13%调整为纳税人销售货物时的适用税率，先解决“高征低扣”问题，降低农产品加工企业税负。第二步，等时机成熟，适时在全国推广投入产出法和成本法进行增值税进项税额核定抵扣。
(二)扩大农产品初加工的范围，进一步降低农产品加工企业的税负。建议适当扩大农产品初加工目录范围，将与人们日常生活密切相关、对带动农民增收效果显著的农产品加工业纳入初加工范围，采用13%的增值税税率。针对当前食品价格上涨的突出问题，建议对从事粮油、肉蛋奶、果蔬等生活必需品加工企业的增值税销项税率统一调整为13%，降低企业成本，稳定食品价格，保障市场供给。
(三)扩大增值税进项税额核定扣除办法改革试点范围，及时总结经验。与目前按照收购凭证核定增值税进项抵扣额的方式相比，采用投入产出法和成本法核定增值税进项抵扣额的方法更科学合理。但不同行业的加工方式、工艺有较大差异，投入产出法和成本法在各行业所遇到困难和问题也不尽相同。建议将试点扩大到更多的行业，可以在粮棉油、肉蛋奶等主要行业各选取若干大型企业，分别开展试点，进行对比分析，总结经验，按照“科学合理、操作简便”的原则选择合适的操作办法，进一步完善农产品加工业增值税政策。
