农户互换田地等土地纠纷问题相当突出，利益协调难度相当大。由于权属来源资料不全和历史遗留问题，权属争议相当激烈，权属关系相当混乱。
——农村集体经营性建设用地入市需要具体配套制度。虽然有些地方已经探索出一条农村集体建设用地颇具特色的入市路径，如佛山南海区已经建立了包括确权登记、流转交易平台、基础地价体系等在内的集体建设用地入市体系，而能够推广到全国的农村集体经营性建设用地入市体系和税收制度还需要更具体的政策制度配套。如农村集体经营性建设用地不动产登记制度、使用权流转制度、共用宗登记制度、抵押融资制度以及农村集体经营性建设用地土地增值税和房产税征收原则和税率确定。
——农村集体经营性建设用地收益分配不尽合理。农村集体经营性建设用地存在收益分配不规范、不合理的因素。要么各级政府对土地流转管得过死，政府收益分配比例过高；要么集体土地所有者绕开政府进行私下交易，侵占由国家投资带来的土地增值收益；甚至出现集体土地使用者私下流转的隐形市场，造成集体和国家土地收益的双重流失。
——国家尚未出台统一规划和用途管制政策文件。土地用途管制是通行的土地管理原则，农村集体经营性建设用地管理也不例外。十八届三中全会重大《决定》指出，农村集体经营性建设用地合法入市前提是“符合规划和用途管制”。农村集体经营性建设用地管理缺乏统一规划和用途管制，造成很多乱象。按现行法律规定，农民宅基地不属于农村集体经营性建设用地，不在入市流转之列。由于缺乏统一规划和用途管制，农村集体建设用地隐形流转市场活跃。在隐形市场上，农村集体侵犯农民宅基地使用权现象屡屡发生，违法用地屡禁不止甚至危及耕地安全。

合法入市途径探析
——明确界定农村集体经营性建设用地产权主体是其合法入市的前提。当前，农村土地制度改革当务之急是产权明晰。首先要实地勘测，摸清家底，尊重历史传统，明确“权属合法，界址清楚，面积准确，材料齐全，无争议”的农村集体经营性建设用地所有权、使用权；通过土地登记确权颁证，理清乡镇、村、村民小组、农民个人四类主体的产权界限；不搞一刀切，避免产权主体虚置与权能重叠。形成产权明晰、权能明确、权益保障、流转顺畅、分配合理的农村集体土地产权制度，是建