流域年均径流量占长江流域径流量的11% ，占整个黄河径流量8.21% ，这直接决定着黄河和长江中下游地区的水源供给水平，所以它是维系长江中下游乃至整个国家生态安全的关键区域。建立若尔盖国家级生态特区，可以有效增强整个地区水源涵养能力，这在很大程度上，缓解了黄河水源短缺的问题，恢复和保护好若尔盖地区内的湿地，可以替代南水北调西线项目，避免项目实施对当地生态的破坏。
——若尔盖生态特区建设有助于统筹施策，实现区域长治久安。若尔盖地区属于次边疆地带，是达赖集团与海外势力可能渗透的重要地区，也是边疆链条中的薄弱环节。建立生态特区,以生态特区建设为抓手，通过加强基层组织建设，落实绿色发展政策，达到增进藏区群众福祉，让藏区群众共享改革发展成果,实现和谐稳定发展的目标。
——若尔盖生态特区建立有利于协调三省生态保护和经济发展。湿地生态系统具有自然性、完整性、稳定性特征。若尔盖湿地位于川甘青三省结合部，主体部分在四川部分，其余分布在甘肃和青海。虽然保护区边界不存在跨省级行政区界限，但是各自然保护区之间缺乏有效的协调，不利于实施统一协调的生态保护政策。建立生态特区有利于协调经济发展与生态保护之间矛盾，通过协调三省之间矛盾，实现外部成本各方分担,