少补地补劣地的现象比较突出，实际上并没有达到占补平衡的目标。有研究认为，到2020年因为耕地“占优补劣”，全国粮食总产量将减少3000万吨。现行土地制度是中国实现可持续粮食安全的最大威胁。
二是耕地质量堪忧、污染加剧。目前全国中低产田约占耕地总面积的70%，水土流失面积占全国总面积的39％，土壤沙化面积占国土面积的15％，盐碱化耕地面积占总耕地面积的8％，干旱、半干旱的地区已有40％耕地严重退化。2013年，全国有20%的耕地收到了不同程度的污染，尤其是重金属污染，其中基本农田保护区土壤重金属超标面积比重为12.1%，华南部分城市约有50%的耕地遭受有毒重金属和石油类有机物污染，长三角连片的农田受多种重金属污染，致使10%的土壤基本丧失生产力，成为了“毒土”。 在现代农业发展背景下，化费、农药、农膜及集约化养殖场粪水等农业源污染有望超过工业和城市污染，成为农村和耕地污染的主要来源。目前，四川农业源COD排放量占全省的42.3%，其中98.5%来自畜禽养殖排放 。
评价3：土地产权的维护和运行成本高
一方面，强制拆迁、低价征地所引发的矛盾长期积聚，越来越尖锐，并已成为农民群体性抗争的主要致因，社会也为此付出了巨额的维稳成本和代价。新一轮城市化将出现更多的征地和拆迁，新旧矛盾叠加，解决起来更为棘手。
另一方面，在五级政府的行政体制下，中央政府要监督地方政府的土地行为需要付出更大的成本。即使这样，也常见地方政府挖中央政府墙脚的事情，比如违规、低价出让国有土地，违法征地。有资料表明，我国的土地违法案件中70%由地方政府造成。各地推行的耕保基金虽然多属“挂羊头卖狗肉”，并不能也没有能够有效地保护耕地不受侵蚀，但却是以耕地保护的名义实实在在地支出了土地出让收入。比如成都市对基本农田每年补贴400元，一般耕地每年300元，其中耕保基金中的10%用于耕地流转担保和农业保险补贴，其余90%用于承担耕地保护责任的农民养老保险支出。
此外，由农村土地资产的沉睡、农村土地金融的缺损、农村小产权房的“二等公民”身份等所造成的社会福利损失，也是现行土地产权制度所付出的运行成本。
评价4：极其不公是现行土地产权制度的最典型特征
一是全民土地产权对集体土地产权的制度歧视和产权掠夺。在现行制度框架下，国有土地的使用权可以直接进入城市建设用地市场，而农村集体土地使用权要进入城市建设用地市场，必须首先转变身份，即先征用，或者先“卖”给国家，再由后者垄断赚钱。而是否征用、征用多少、征地补偿价格基本上都是由政府说了算。这样的产权“交易”在市场语境下根本无法理解。
二是对农民集体土地资产的价值掠夺。在地方政府职能趋于经济化、地方土地财政利益极大化及在政府完全垄断了土地一级市场的体制和现实背景下，人为压低征地补偿标准几乎成为征地方的本能。事实上，按征用前三年平均年产值的6～10倍补偿的标准，在法理上说不通，在实践中更让人难以接受，实际上是以法律的名义制定的霸王条款。其最终的结果是地方政府土地财政的高回报和农民土地利益的巨额流失。有研究表明，2009年全国地方政府土地买卖的净收益率为74.13%。在全国被征土地征用费中地方政府占20%～30%，企业占40%～50%，村级组织占25%～30%，农民仅占5%～10%，其中长三角地区农村集体及农民所得到的农地征用价格大概为农地市场价格的2%。土地“招拍挂”以来，通过各级地方政府低价征地、高价卖出，农民向政府转移的价值总额高达20万亿～30万亿元。这笔由农民支付的“土地红利”