入社的农民进行问卷调查时，接近百分之六十的人认为当前成立合作社最大的困难是缺乏好的带头人。
——差序格局下的农民合作社存在管理弊端。中国乡土社会以宗法群体为本位，人与人之间的关系是以亲属关系为主轴的网络关系，是一种差序格局。差序格局下，在社会关系上与合作社社长较为疏远的社员对于农民合作社缺乏归属感，如果农民合作社不能处理好合作社内社员之间的关系，社员对于合作社的忠诚度就会降低，合作社的决策难度就会加大，从而影响合作社的运营效率和发展。
——政府支持力度较小，政策难以落实。在调查过程中发现绝大多数农户（包括已入社和未入社）对于地方政府是否有扶持农民合作社发展的政策是不了解的。中央政府对合作社的扶持若仅停留于立法和资金支持的层面，而县、乡镇一级政府落实不力，将难以实现预期效果。
——制度益贫性的缺失。在访谈中，绝大多数调查对象表示对于合作社的相关知识和相关政策未曾听说，还有相当一部分是听说过但并不了解。这反映出当前我们国家在制定农民合作社相关政策上的缺陷，制度性的加强带来的是益贫性的削弱。

结合实践解难题
2015年的中央一号文件主题为进一步深化农村改革加快推进农业现代化。以Y区周边为例的农民合作社在关中地区的实践中还存在很多需进一步完善的地方，笔者归结为两个主体三类问题。
第一类问题为现有农民合作社的部分功能失范。农村合作社作为农民和政府之间的中间组织，具有在协调村庄治理资源的使用方面更好地调补村集体无法承担的经济发展责任，另外本身应该是提高农民素质的学习型组织。然而，调研中发现，除了经济功能上的困境，被调查的农民合作社的社会职能缺失现象也比较严重。因此农民合作社应该进一步明确自身职责，加强组织管理民主科学带动村庄治理民主科学，尊重并提倡社员的选举权、知情权。此外组织社员集体学习，提高社员的农业技术知识水平也不可或缺。
第二类问题为农民合作社的组织管理问题。一方面农民合作社在乡村社会以宗法群体为本位的差序格局下，社员与合作社的关系很大程度上受人脉的影响，难于管理。另一方面是青壮年的劳动力的缺失致使合作社发展缺乏好的带头人。笔者认为农民合作社应该实行监管分离的组织结构。选举合作社里有声望者充当监督者的角色，监督社内信息公开，政策透明，保证每个社员的权利，不参与具体管理。由有知识视野更开拓的青壮劳动力管理合作社，具体决策同时带头行动，给予带头人更大的自主权以吸引青壮劳动力。
第三类问题为政府在农民合作社中缺位和角色定位不准。农民合作社作为农业发展的新事物和新尝试离不开政府的支持，但是在这方面政府的支持力度表现不足。具体表现为政府的扶持政策缺乏时效性，政策跟不上变化；缺乏持续性，政策跟不上问题。在人力方面，社员反映农业技术员少且在服务效率上存在偏差，在物质方面缺乏资金支持。政府在农民合作社进程中应该承担“兜底儿”责任，即保障农民合作社基础设施的建设使用和提供基本资金支持，在农民合作社面临发展困境时及时提供现实帮助。同时还要进一步宣传农民合作社政策，不断调整政策打消农民疑虑。引导和鼓励更多农民参与扩大农民合作社规模。另外扩大农业技术指导的力度和范围，对技术员实行严格的考核和奖励。