从总体上看，四川在深化统筹城乡改革过程中必须破解 “六大难题”：
　　
难题一：
新型工业化和新型城镇化脱节的问题严重
　　近年来，四川工业经济一直保持快速高效的增长，强有力的支撑了四川GDP实现翻番。四川省工业增速进入全国第一方阵，近五年工业增速比全国高7.6个百分点，2012年工业增加值达到12587.8亿元，占GDP比重达到52.8%，工业化率超过全国平均水平。虽然四川省工业发展还存在产业结构层次较低，大部分产业处于全国产业分工的较低端，附加值较低，竞争力较弱等问题，但更关键的是城镇化严重滞后于工业化的问题。
　　2012年，四川城镇化43.5%，比全国平均水平低10个百分点左右，如果不考虑在城镇打工的农民工，城镇户籍人口比重则更低，还不到30%。据测算，全球城市化率/工业化率大致为1.95，美国为4.11，中国的这一数据很低，只有1.09，而四川则仅仅为0.82，可见城镇化严重滞后于工业化。
　　更关键的是，传统城市化模式主要是依靠体制缺陷推进的，低价征地、低成本使用劳动力、低代价排放污染物，这些已难以为继。传统城市化存在五大弊端：
　　一是政府垄断的城市化：城市政府垄断了建设用地一级市场。传统城市化模式下，城市扩张所需的国有建设用地的一级市场完全由政府所垄断和控制。
　　二是农民失地的城市化：放弃土地是获取城镇户口的必要条件。根据现行《农村土地承包法》和传统户籍制度，农民要获得城市非农户口、真正转变为市民，就不得不放弃农村承包土地、宅基地等财产权利，以此为代价实现的城市化给农民带来很大风险。以成都市为例，2006年10月至2011年底，全市共有51.97万农民转变为市民，其中因土地被征用而转为城镇居民的人数为51.45万，占比高达98%；而通过购买商品房或租房迁移进城落户的人数仅为0.52万。
　　三是农民转移的城市化：二次社会融入是城市化的必然后果。在传统的城市化模式下，农民被迫由乡村转移到城市，他们不仅面临居住空间的变化，而且面临原有社会环境的改变。
　　四是农民被动的城市化：农民缺失城市化的主动权和选择权。传统城市化模式对农民而言具有强制性，郊区是否被纳入城市总体规划，取决于城市扩张的需求，农民本身并没有参与和决策的权利，只是被动地被牵扯进来，在征地拆迁补偿的谈判中处于弱势地位，在整个征地拆迁过程中话语权缺失。
　　五是不彻底性的城市化：农民变市民具有显著的不彻底性和不完整性。一方面是农民家庭的不彻底市民化。一些农民家庭的青壮年和幼年人口转移到城市，但老年人口却滞留在农村。据我的调查，四川省38.3%的家庭有一位或两位60以上的老年人口留守在家。另一方面是农民进城务工具有候鸟式特征。或农闲时进城务工，农忙时回乡务农；或年轻时进城务工，年老时返乡务农。
　　正因如此，才有半城市化、伪城市化、流动的城市化、失衡的城市化等多种评论。
　　针对这些弊端，关键是要从制度突破入手，在做强实体经济和现代服务业，提供足够非农就业岗位的同时，还要探索让农民带着财产权利进城的可行路径，打消农民市民化的种种顾虑。
　　
难题二：
农村土地产权制度改革面临深层次障碍
促进城乡要素平等交换和公共资源均衡配置，是我国推进城乡统筹发展的两条主线。而对于农民而言，最主要的生产要素就是土地，因而农村土地产权制度改革可以说是统筹城乡发展是否取得成功的“胜负手”。从四川来看，各市州都开展了农村集体土地确权登记发证工作，目前已有近80%的县（市、区）已完成农村集体土地所有权确权登记